MTs Negeri Ketanggungan berawal dari PGA NU 4 Tahun, yang kemudian di ubah menjadi PGAN 4 Tahun. Kemajuan yang sangat pesat diraih oleh PGAN 4 Tahun. Pada tanggal 16 Maret 1976 PGAN 4 Tahun berubah menjadi MTs Negeri Ketanggungan, yang merupakan MTs Negeri Pertama di Kabupaten Brebes.

Pada awal berdirinya MTs Negeri Ketanggungan di pimpin oleh Bapak Nurkholis, beberapa tahun kemudian dibawah kendali Bapak Drs. H. Sucipto. Dibawah kendali Bapak Drs. H. Sucipto MTs Negeri Ketanggungan menjadi semakin berkembang dan menjadi Madrasah Koordinator se Kabupaten Brebes, membawahi MTs Swasta se Kabupaten Brebes. Pembangunan gedung dan disiplin siswa secara menyeluruh adalah prestasi yang diraih oleh Bapak Drs. H. Sucipto. Setelah sekian lama memimpin, untuk penyegaran dan pengkaderan, Bapak. Drs. H.Sucipto mutasi ke MTsN Slawi, dan digantikan oleh Bapak Tamjid, BA.

Pada tahun 1996 Bapak Tamjid BA diganti Oleh Drs. Achfas sampai tahun 1998. Prestasi yang diraih antara lain pembangunan gedung 12 lokal lantai 2 yang membuat MTs Negeri Ketanggungan semakin megah dan dapat menampung murid sampai 1000. Selama 3 tahun kepemimpinan beliu mencatat prestasi antara lain menjadi MTs Penyelenggara Ebtanas bersama terbaik Se Kabupaten Brebes. Pada tahun 1998 Drs. Achfas digantikan oleh Bapak Drs. H. Muharrom Hasan Hadiwijaya, beliau memimpin MTs Negeri Ketanggungan sampai dengan tahun 2001.

Pada tahun 2001 terjadi pergantian kepemimpinan, Bapak Drs. H. Muharrom Hasan Hadiwijaya digantikan oleh Bapak Drs. Sahruddin Hasibuan, dibawah tangan dingin bapak keturunan batak ini, MTsN Ketanggungan semakin megah dengan dibangunnya Aula dan gedung olahraga seluas 150 M, dan 6 lokal gedung baru 2 lantai serta prestasi akademik dengan tingkat kelulusan 100 %. 2 Tahun kemudian Drs. Sahruddin Hasibuan diganti oleh Drs. Oeoeng Syamsuri ,

Di bawah kepeminpinan Drs. Oeoeng Syamsuri dengan gaya kepemimpinan yang low profile Drs. Oeoeng syamsuri mencatat prestasi yang gemilang. Diantaranya menjadi MTs Terbaik se jawa tengah dalam bidang keikutsertaan/partisipasi masyarakat. Dua tahun kemudian Drs. Oeoeng Syamsuri diganti oleh Bapak Drs. Tobari, M.Ag yang memimpin sampai dengan tahun 2010.

Dibawah kepemimpinan Drs. Tobari, M.Ag, MTs Negeri Ketanggungan semakin melebarkan sayapnya untuk menjadi Madrasah yang Islami dan Ilmiah yang melahirkan generasi muda yang pintar dan mampu bersaing dalam dunia global. Pada tahun 2010 Bapak Drs. Tobari M.Ag digantikan oleh Bapak Drs. H. Ahsan Aminuddin yang juga pernah mengabdi sebagai tenaga pendidik di MTs Negeri Ketanggungan.

Pada era kepemimpinan Bapak H. Ahsan, sarana dan prasarana di MTs Negeri Ketanggungan kembali dilengkapi dengan pembangunan lapangan basket untuk kegiatan siswa, serta mulai dilakukan rehab aula yang kemudian dilanjutkan dan diselasaikan oleh Bapak Drs Maspau yang menggantikan Bapak Drs. H Ahsan Aminuddin di bulan November tahun 2016.

Dibawah kepemimpinan Bapak Drs. Maspau MTs Negeri Ketanggungan semakin meningkatkan kegiatan internal dan eksternal untuk memberi sumbangsih dan peran sertanya terhadap lingkungan  sekitar, selain itu MTsN Ketanggungan juga tengah berbenah untuk menjadi sekolah adiwiyata. Dalam periode Bapak Drs. Maspau ini juga MTs Negeri Ketanggungan secara resmi berganti nama menjadi MTs Negeri 1 Brebes. Kemudian dalam kepemimpinan beliau telah banyak dilakukan rehab dan pembuatan ruangan baru, selain itu beliau juga membuat program kegiatan yang berbasis pendidikan agama. Beberapa peningkatan sarana dan prasarana yang telah terlaksana dalam masa kepemimpinan beliau adalah Rehab Aula, Rehab Masjid Madrasah, Papingisasi dan Tamanisasi. Selain itu Ruang Kantor TU dan Ruang BK telah dibuat guna memfasilitasi pekerjaan pegawai MTs Negeri 1 Brebes. Kemudian beliau memulai mengadakan kegiatan Pembiasaan Siswa Membaca Surat Pendek dan manambahkan beberapa ekstrakurikuler yang sesuai dengan bakat dan minat anak.

Setelah 5 tahun menjabat sebagai Kepala MTsN 1 Brebes, Drs. Maspau kemudian digantikan oleh Drs. Mohammad Suaedi, M.Pd, pada 30 Agustus Tahun 2021.